Cada sistema de archivos tiene sus propias ventajas y desventajas. La FAT estándar solamente permite nombres de archivo de ocho bytes (u ocho caracteres de sólo 1 byte) sin espacios (más una extensión de tres bytes/caracteres), por ejemplo, mientras que NTFS permite nombres mucho más largos que pueden contener espacios, y tener varias letras Unicode. Se puede llamar a un archivo "Registros de nóminas" en NTFS, mientras que en FAT estaría limitado a algo como "nominas.dat" (salvo que estuviera usando VFAT, una extensión de FAT que permite nombres de archivo largos).
Los programas gestores o administradores de archivos son utilidades que le permiten manipular archivos directamente. Le permiten mover, crear, borrar y renombrar archivos y carpetas, aunque no le permiten realmente leer el contenido de un archivo o almacenar información en él. Cada sistema informático proporciona al menos un programa gestor de archivos para su sistema de archivos nativo. En Windows, el gestor de archivos usado más comúnmente es Windows Explorer.
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